El mundo espera con muchas ansias el desarrollo de una vacuna segura y eficaz que logre proteger a la humanidad de nuevos brotes de COVID-19. Pero como hemos dicho, esto no es tarea fácil, y una de las preocupaciones que han planteado muchos es si las diferentes mutaciones que ha sufrido el coronavirus SARS-CoV-2, causante de la enfermedad, pueden afectar este objetivo.
Es por ello que parte de los esfuerzos se han enfocado en estudiar muy bien los aspectos genéticos del coronavirus. Por ejemplo, un equipo de investigadores de la Universidad de Drexel publicó recientemente un trabajo que sugiere que hay al menos seis a 10 versiones ligeramente diferentes del virus que infecta a las personas en Estados Unidos.
Según indican en su artículo en bioRxiv, algunas de estas evolucionaron a partir de las cepas provenientes de Asia, mientras que otras son las mismas que han estado infectando a diferentes países de Europa.
Un método para identificar las mutaciones del SARS-CoV-2
Los investigadores de la Universidad de Drexel revelaron un método para identificar y etiquetar de manera rápida las versiones mutadas del virus, el cual utiliza información de una base de datos global de información genética obtenida de las pruebas de coronavirus aplicadas en diferentes partes del mundo.
La herramienta, disponible públicamente para los investigadores de COVID-19 en GitHub, se utilizó primero para el estudio de la mezcla de bacterias. Ahora mostró ser eficiente en la extracción de patrones de volúmenes de información genética de un virus y a partir de ellos, identificar si ha cambiado genéticamente utilizando etiquetas llamadas Marcadores de subtipo informativos (ISM).
Subtipos diferentes en todos los continentes
Gail Rosen, Ph.D., profesora de la Facultad de Ingeniería de Drexel y líder del desarrollo de dicha herramienta, explicó que identificar estos patrones permite ver los cambios que ha sufrido el virus a medida que se ha ido expandiendo por diferentes regiones, así como los efectos que han tenido medidas como el distanciamiento social sobre el mismo.
La herramienta ISM reveló que “los tipos de virus SARS-CoV-2 que vemos en las pruebas de Asia y Europa son diferentes a los tipos que vemos en Estados Unidos”. De hecho, los subtipos identificados en Nueva York son mas similares a los que circulan en Austria, Francia y la región de Europa Central. Curiosamente, estas versiones similares a las que se encuentran en el continente europeo son diferentes a las de Italia.
Por otro lado, está el subtipo que se propagó por Asia y se detectó rápidamente por ser el epicentro del brote, el cual no logró extenderse tanto como otros posiblemente debido a las cuarentenas implementadas en diferentes países del continente. Y no podemos dejar de mencionar un nuevo subtipo que se encuentra en Estados Unidos, el cual es el más frecuente en el estado de Washington y en la costa oeste.
“Nuestro análisis preliminar, utilizando datos disponibles públicamente de todo el mundo, muestra que la combinación de subtipos de virus encontrados en Nueva York es más similar a los encontrados en Austria, Francia y Europa Central, pero no en Italia. Y el subtipo de Asia , que se detectó aquí temprano en la pandemia no se ha extendido mucho, en cambio, estamos viendo un nuevo subtipo que solo existe en Estados Unidos como el más frecuente en el estado de Washington y en la costa oeste”.
No necesariamente se trata de cepas diferentes
Algunos estudios que reseñamos previamente también alertaban sobre las mutaciones del virus, pero en aquel momento se consideró que las diferencias encontradas entre estas “versiones” no implicaban que pudieran dividirse en diferentes cepas.
En esta oportunidad, ha ocurrido de manera similar. Aunque si bien estas diferencias genéticas pueden no ser suficientes para delinear una nueva cepa del virus, comprender estos “subtipos genéticamente significativos”, así como los lugares en los que se encuentran y su frecuencia dentro de los mismos puede ser bastante útil.
“Esto nos permite ver la huella digital muy específica de COVID-19 de cada región del mundo y observar de cerca las regiones más pequeñas para ver cómo es diferente”, dijo Rosen.
Los investigadores también notaron que las dos partes del virus que parecen no mutar son las responsables de su entrada en las células sanas y de empacar su ARN, lo cual puede ayudar a la ciencia, no solo a comprender la respuesta del sistema inmunitario al contacto con el SARS-CoV-2, sino también a abrir un abanico de posibilidades que faciliten el desarrollo de un tratamiento antiviral o una vacuna.
Referencia:
Characterizing geographical and temporal dynamics of novel coronavirus SARS-CoV-2 using informative subtype markers. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.07.030759v3