A medida que el nuevo coronavirus SARS-CoV-2 impregna el planeta, los científicos utilizan la secuenciación genética y una herramienta de software de código abierto para rastrear su evolución.
La secuenciación del virus puede apoyar la epidemiología genómica, caracterizar el virus y ayudar a las autoridades de salud pública a comprender la identidad del virus, si está cambiando y cómo se transmite, además de otros datos epidemiológicos.
Información crucial
La herramienta de software, llamada Nextstrain, no puede predecir a dónde irá el virus, pero muestra de dónde provienen los nuevos casos del virus. Esa es información crucial para que las autoridades sanitarias de todo el mundo puedan determinar si a sus países están llegando nuevos casos a través de viajes internacionales o si se están transmitiendo localmente.
El nuevo coronavirus, que causa la enfermedad respiratoria COVID-19, surgió por primera vez en diciembre en China, donde ha infectado a más de 80.000 personas. Desde entonces se ha extendido a 165 países, con las mayores concentraciones de casos hasta ahora en Corea del Sur, Irán e Italia.
A medida que aparecen nuevos casos, es importante determinar el origen del virus, ya sea que la persona infectada haya contraído el virus localmente o en otra región. Eso puede informar las decisiones sobre restricciones de viaje, cierre de escuelas, implementación de cuarentenas y dónde enfocar los recursos para contener el brote.
Mapa de las mutaciones del virus
El análisis genómico puede proporcionar pistas sobre el origen de un virus. Durante un brote, el código genético de un virus mutará constantemente a medida que se propaga a través de una población.
En el caso de SARS-CoV-2, las mutaciones observadas son leves, y aunque básicamente se trata de solo un cambio de letra en el código, proporcionan una especie de sello temporal y geográfico.
Al comparar los códigos genéticos de las muestras virales tomadas a nivel mundial, es posible construir un mapa de las mutaciones del virus a medida que se mueve alrededor del mundo.
La herramienta informática Nextstrain traza una especie de un árbol genealógico o una línea de tiempo evolutiva del virus. Para el SARS-CoV-2, ese árbol genealógico se origina en la ciudad china de Wuhan, y se ramifica desde allí. Cuando aparecen nuevos casos, el código genético de esas muestras virales se puede comparar con los de la base de datos para determinar su región de origen.
Hasta ahora, la secuenciación de más de 500 muestras de todo el mundo no ofrece evidencia genética que muestre que el virus haya mutado en una cepa diferente, lo cual, para fortuna de todos, desmiente las conclusiones emitidas en un estudio publicado por investigadores chinos en el que afirmaban que había dos variantes del virus.
Referencia: Genomic epidemiology of novel coronavirus (hCoV-19). Nextrain, 2020. https://nextstrain.org/ncov